SNP:t ovat STR:iä luotettavampi mitattava muutos Y-kromosomissa. SNP on lyhenne sanasta Single Nucleotide Polymorphism. SNP tarkoittaa yhden emäksen mutaatiota Y-kromosomissa. Esimerkiksi adeniini (A) mutatoituu guaniiniksi (G). Y-kromosomissa on luotettavampia ja epäluotettavampia alueita. Sukututkimuksessa pyritään tutkimaan SNP-mutaatioita Y-DNA:n vakaammilla alueilla. Big Y-700-testi lukee liki 20 miljoonaa emäsparia ja pyrkii löytämään SNP-mutaatioita. Keskimäärin sukututkimukseen kelpaavia SNP-mutaatioita tapahtuu noin 83 vuoden välein, mutta tässä on suuria vaihteluita lyhyillä aikaväleillä.
SNP-mutaatioiden avulla on mahdollista järjestää miehet "sukupuuhun" tutkimalla, että keillä on mitkäkin SNP-mutaatiot ja keiltä ne puuttuvat.
